La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) ha declarado la invalidez del decreto que transfería el control operativo y administrativo de la Guardia Nacional a la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), ya que esto violaba el artículo 21 constitucional que estipula que todas las instituciones de seguridad pública deben ser de carácter civil, incluyendo a la Guardia Nacional. La mayoría de 8 votos contra 3 en el Pleno de la Corte invalidó los cambios a los artículos 29 y 30 Bis de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, que prevén la readscripción de la Guardia Nacional a la Sedena, argumentando que esto implicaba someter las labores de seguridad pública a las fuerzas armadas.
Los ministros Arturo Zaldívar Lelo de Larrea, Loretta Ortiz Ahlf y Yasmín Esquivel Mossa votaron a favor del decreto que transfería la operación y recursos de la Guardia Nacional, mientras que los otros ocho ministros votaron por invalidarlo, lo que defiende la postura del presidente Andrés Manuel López Obrador.
La ministra Presidenta de la Norma Lucía Piña Hernández explicó que estas reformas no regulaban las leyes transitorias de la Guardia Nacional, sino que pretendían regular el artículo 21 constitucional, y que esto violaba la Constitución. La ministra Margarita Ríos-Farjat advirtió que transferir recursos y operaciones a la Sedena dejaba sin materia la dirección de la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana (SSPC), aunque la norma invalidada sostenía que la Guardia Nacional estaba adscrita a la SSPC conservando así su carácter civil.
Por otro lado, el Pleno de la Corte también anuló la facultad del Secretario de la Defensa Nacional de nombrar al titular de la Guardia Nacional, devolviendo esta facultad al Presidente de la República sin intervención del titular de la Sedena.